但1890 年左右，阿贝改变了主意。与保守商业秘密相比，有时限的专利更能促进科学的发展。同样在1869 年，蔡司给阿贝一项研究任务，希望他能够根据计算设计出一台显微镜，其性能至少与埃德蒙哈特纳克(Edmund Hartnack，1826-1891) 的水浸显微镜一样好。最初，阿贝利用几何光学的方法，首先提出了小孔径设计，至少在纸面上表现比以前的大孔径显微镜要好得多。

早在20世纪60年代开始与卡尔蔡司合作时，阿贝就表示不愿意为自己的研究成果申请专利，这样其他制造商就可以毫无顾忌、无需支付任何费用地模仿蔡司的优质产品。在阿贝2017年11月5日写给朋友阿道夫费迪南德魏因霍尔德（Adolf Ferdinand Weinhold，1841-1917）的信中，巴黎的产品指的是法国费雷尔玻璃厂，伯明翰的产品指的是英国的钱斯兄弟。玻璃厂。

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例如，帮助阿贝测试肖特玻璃的保罗里德尔（Paul Riedel）最初是阿贝的私人助理，并不是蔡司的员工。他的工资是阿贝自己支付的。蔡司本人投资了20399马克，是阿贝和罗德里希两人总金额的一半，说明年迈的蔡司此时已经在减少对业务的介入。 2001年秋，阿贝导出了著名的正弦条件（Sinusbedingung），后来以阿贝的名字命名。

2006年，肖特在他的地下室熔炼了一种新型玻璃，用锂代替钠或钾，比重更小。他猜测这块玻璃可能有独特的属性，于是他把这块玻璃送给了阿贝，请他帮忙。测量玻璃的光学特性。最初，这幅肖像画只提供给阿贝最亲密的家人和朋友，甚至连阿贝本人都不知道。